1. За формою вияву морфеми бувають сегментними (вираженими звуковими відрізками) і нульовими, тобто відсутність будь-якого сегмента звучання, але сама ця відсутність передає певне значення. Нульові морфеми наявні серед флексій.

2. За значенням морфемна система поділяється на три підсистеми: кореневу, словотвірну та граматичну. Словотвірні та граматичні морфеми називають афіксами. Кореневі й афіксальні морфеми розрізняються не стільки характером значення, скільки способом його маркування, вираження. Корінь виражає значення самостійно, афікси — тільки сумісно, тобто в єдності з коренем. В кількісному вираженні коренів (близько 17 тис.) набагато більше ніж афіксів (понад 500). Словотворчих афіксів у кілька десятків разів більше ніж граматичних.

Морфеми кореневої системи є опорою лексичного значення, що проявляється в окремо взятому слові.  Семантика кореневих морфем найбільш конкретна, але вона уточнюється, звужується, змінюється внаслідок поєднання з афіксальними морфемами. Коренева морфема – основна та обов’язкова для кожного слова. Корінь є спільною складовою в структурній будові групи споріднених слів, що утворюють словотвірне гніздо. Кількісно групи спільнокореневих слів об’єднують від двох (мензурка, мензурковий; ментор, менторський)  до кількох десятків (-біл-, -чит-) або й сотень (-вод-, -ход-, -нес-) одиниць. Бувають й одиничні неповторювані корені (алло, бісектриса, біфштекс) – їх близько 5-7 тисяч. Понад половина коренів зазнає морфонологічних змін (у них чергуються голосні й приголосні, випадають і вставляються окремі фонеми). Корені відмінюваних іменників і прикметників здебільшого закінчуються приголосним, дієслів – голосним і приголосним.

Корінь, який не може виявляти себе самостійно, а лише в поєднанні з певними афіксами називається зв’язаним (взути, відняти). Кореневі морфеми, вільно сполучувані  з різними афіксами або вживані без них, називаються незв’язаними.

Словотвірні морфеми мають класифікаційне, категоріальне значення, яке розкривається лише на тлі кореневої морфеми. Словотвірне значення репрезентує узагальнено-родове розмежування конкретних проявів світу, а також виражає конотацію (особистісно-емоційне ставлення). Семантика словотвірних морфем абстрактніша ніж кореневих, причому префікси більш абстрактні ніж суфікси. Між багатьма словотворчими морфемами встановлюються синонімічні, іноді антонімічні відношення (вбити – вибити). Характерною особливістю цих морфем є їхня закріпленість за певною частиною мови, кожна з яких має свій арсенал, систему словотворчих морфем. Так, в іменниках слова з суфіксом –ист-/-іст-, -ар-, -ник-, -ач, -ель тощо є найменуваннями осіб, а в межах цієї групи є часткові значення на зразок: «фахівець того, що названо денотативною морфемою (бандурист, артист, дантист). Незначна частина морфем трапляється в різних частинах мови, наприклад, суфікс -оньк-(-еньк-), який передає емоційне забарвлення, властивий дієслову, іменнику, прикметнику: спатоньки, голівонька, маленький.

Префіксальні словотвірні морфемі на відміну від суфіксальних утворюють слова на ґрунті кореневих морфем, а не на ґрунті основи, тому не змінюють належність до певної частини мови. В українській мові налічують понад вісім десятків префіксів, понад три сотні суфіксів.

Граматичні морфеми вирізняються найбільшою абстрактністю значення і є засобами вираження відповідних граматичних категорій.

В межах підсистеми граматичних афіксів розрізняють формотворчі та словозмінні афікси.

Флексіям притаманна кумуляція, або поєднання в одній морфемі кількох грамем. Флексіям властивий високий ступінь омонімії (вишні – н., д., м. відм.).

Сукупність однотипних парадигм іменників утворюють в українській мові чотири типи відмінювання. Всі відміни разом складають систему відмінювання іменників. Таким же чином у кожного дієслова є своя парадигма форм, сукупність однотипних дієслівних парадигм складає дієвідміну, а сукупність всіх дієвідмін разом з формами так званих неправильних дієслів, утворюють систему дієвідмінювання дієслів даної мови. Словозміна прикметників, дієприкметників, числівників, займенників, ступенювання прикметників і прислівників утворюють відповідні системи чи мікросистеми в межах флективної підсистеми.

3. За багатозначністю морфеми поділяють на моносемічні та алосемічні (багатозначні). Наприклад, прикметниковий суфікс –уват- в одному випадку передає значення подібності з чимось (гачкуватий), в іншому – неповноти виявлення ознаки (сіруватий); суфікс –ач- позначає особу (діяч, викладач, збирач) та прилад, засіб (приймач, вимикач, програвач). Моносемічні афікси мають одне значення, наприклад, прикметниковий суфікс –ин передає лише значення присвійності (сестрин). Між багатьма словотворчими афіксами встановлюються синонімічні (внести – занести), іноді антонімічні відношення (занести – винести).

4. Афікси, які постійно повторюються в різнокореневих словах, називаються регулярними. Нерегулярні або одиничні, унікальні афікси трапляються у поодиноких структурно ізольованих словах (світ-оч, дубл-ікат). Наприклад, за даними словників, префікс не- вживається приблизно у трьох тисячах іменників,  прикметників, дієприкметників із значенням заперечення,  відсутності тощо (невиїзд, несправедливий, невкритий), префікс без- у 750 іменниках та прикметниках із значенням  відсутності (безриб'я, безрадісний), суфікс -ба — у 60 віддієслівних іменниках (сівба, боротьба, плавба). До нерегулярних належать поодинокі афікси, які  трапляються спорадично, рідко, виділяються в одному, двох, трьох словах. Слова з  нерегулярними афіксами не утворюють словотвірного ряду, їхня  семантика визначається лише в складі слова шляхом зіставлення із спорідненими і твірними словами. До нерегулярних  належать суфікси -ов (любов), -таш (патронташ), -амт  (поштамт), -он (капрон, нейлон), -ус, -сус, -тус (глобус, ляпус, свинтус), -уха (свекруха, мачуха), -уха (макуха), -ух  (лопух, кожух), -ух (пастух), -ав (рукав), -ел (осел, козел, орел), префікс -ко- (закоулок), закінчення -м (дам, їм), -то (хто), -о (що).

5. За частотою використання в мовленнєвому ланцюжку афікси поділяють на активні, малоактивні. Частота вживання афіксів значно переважає частоту вживання кореневих морфем. Найбільша повторюваність властива словозмінним афіксам.

6. Серед афіксів є живі, які вільно виділяють у складі слова (ви-з-вол-и-тель, ви-хов-а-тель, уч-и-тель), та мертві, які визначають за етимологічним аналізом слова (мас-л-о, жи-р, вік-н-о).

7. За словотвірними властивостями афікси  поділяють на продуктивні та непродуктивні. До продуктивних, наприклад, належать: суфікс -ан-и із значенням осіб за місцем проживання (пор. давнє Київ — кияни і нове Жовтневе — жовтняни), суфікс -ець/-ц-і із значенням особи (давнє: запорожець, запорожці — нове: динамівець, динамівці), прикметниковий суфікс -ськ-ий (давнє: київський — нове: динамівський), суфікс -ач із значенням  особи (давнє: орач — нове: глядач), суфікс -ник (давнє: служник — нове: свердлильник) і под. До малопродуктивних належать суфікси -тель із значенням особи (вихователь), -ар (лікар), -ій (водій), -ун (бігун), -ок (стрілок) та ін. Непродуктивними в сучасній українській мові є такі афікси: 1) префікси па- (пасинок), пра- (прадід), су- (супіски)', 2) суфікси: -в-о (місиво, пиво), -ев-а (королева), -ай (шахрай), -тель із значенням конкретних предметів  (глушитель), -ичі, -ічі у прислівниках (двічі, тричі), -ень (лежень), -ак (вожак), -ич (погонич), -ир (проводир).

Непродуктивність чи продуктивність не є постійною  ознакою афіксів: непродуктивний в одному часовому проміжку афікс може  стати продуктивним в іншому, і навпаки — колись  продуктивний суфікс може нині стати непродуктивним.  Наприклад, суфікс -аж із значенням "корм" до 60-х років XIX ст. був нерегулярним і непродуктивним, тому що існував лише в одному слові фураж. Після 60-х років з утворенням  іменника сінаж він набув продуктивності, хоча ще й не став  регулярним; суфікс -ин-и з обрядовим значенням у минулому був надзвичайно регулярним і продуктивним (змовини,  домовини, зговорини, словини, заручини, роковини, оглядини, заводини, злюбини, дружбини,  батьківщини, калачини, розгребини), але нині є непродуктивним.

8. За походженням морфеми бувають питомі і запозичені (іншомовні). До запозичених належать морфеми, що  прийшли в українську мову з інших мов. Запозичуються в складі слів корені, суфікси, префікси. Не запозичуються закінчення як виразники граматичних значень. У запозиченому  українською мовою з російської слові капрон виділяється  латинський корінь капр- ("козел", "козлячий") і англійський суфікс -он (із значенням "штучне волокно"). Запозичені корені в  таких українських словах: Карленко (нім. ім'я Карл, укр. суфікс -енк-о), берлінці (нім. корінь берлін-, укр. суфікс -ц-ї),  кизиловий (тюрк. кизил — "червоний", укр. суфікс -ов-ий),  академічний (грец. корінь академ- від імені міфічного героя Академа, укр. суфікс -ічн-uü). Запозичені префікси: а- (абіотичний — грец. префікс а- із значенням заперечення, відсутності або недостатності чогось, грец. корінь біот- (ßioxos) —  "життя", укр. суфікс -ичн-ий), анти- (антибіотики — грец. префікс анти- із значенням протилежності, протидії), архі- (грец., із значенням вищого ступеня — архіважливий), воз- (старо- слов.), де-, дез- (лат.), пре- (старослов.), пред- (старослов.). Іншомовні суфікси в обмеженій кількості засвоювалися в XIV-XVIII, а особливо в XIX-XX століттях.